La Materia Médica Pura es un listado de síntomas asociados a sustancias. Se redactó empíricamente mediante ensayos homeopáticos. Por ejemplo, el investigador bebe una dosis tóxica de la sustancia y anota todos los síntomas físicos, mentales, emocionales y de comportamiento que padece. La sustancia, convenientemente preparada, será empleada en adelante para tratar esos mismos síntomas. El repertorio homeopático, la Materia medica, es un listado de remedios y síntomas recopilado de esta forma, y utilizado para identificar el remedio más apropiado para cada caso. James Tyler Kent, que publicó su repertorio en 1905, recoge unos 700 remedios diferentes. En la actualidad, se usan cerca de 3.000 remedios distintos en homeopatía, de los cuales 150 se consideran de uso común.

La preparación de los remedios homeopáticos, conocida como dinamización o potenciación, consiste en una serie de diluciones seguidas de agitaciones, diez fuertes sacudidas contra un cuerpo elástico tras cada proceso de dilución. Se cree que la vigorosa agitación que sigue a cada dilución transfiere parte de la esencia espiritual de la sustancia al agua. El factor de dilución de cada etapa es, tradicionalmente de 1:10 (potencia D o X) o de 1:100 (potencia C), aunque recientemente se han realizado potencias LM (factor de dilución de 1:50.000 en cada etapa).

La elección de la potencia prescrita depende de cuán asentada esté la enfermedad diagnosticada, siendo 12 el punto de partida típico para males agudos, y 30 para males crónicos. El factor de dilución se considera mucho menos importante que el número de diluciones sucesivas. Las potencias D son, por lo general, las preferidas en Europa, mientras que las C prevalecen en los Estados Unidos e India.